《行舟記》是一本長篇奇（qí）幻、曆史類小說，講述了少年馬十一在因緣巧合下誤入了一艘行走於六界之外的奇（qí）妙大（dà）船的故事。這艘大船徘徊在如霧（wù）似幻的十方（fāng）海上，船內包羅萬象，好像一艘擁有生命的巨大迷宮，載著無數的人、鬼（guǐ）、妖去向不屬於他們的世（shì）界。這裏金碧輝煌，擁有著人世罕見的珠寶與財富，唯一（yī）沒有的就（jiù）是“時（shí）間”，“死亡”是這（zhè）裏（lǐ）最大的難題。
而少年（nián）馬十一卻似乎不受這個規（guī）則限製，在這（zhè）裏，他還（hái）可以如以往一樣成長，這令在這（zhè）活（huó）了上千年的拐子船長驚訝異常。漸漸地，他又結識了傳（chuán）說中的惡僧法海、清朝的無頭畫師、唐朝的落魄將軍（jun1）、以及徘徊於六界，千年無所事事的狐（hú）妖（yāo）。隨著他們的友誼展開，一段又一段的往事（shì）也隨之一起浮出水麵。馬十一開解了他們的心結，令他們再一（yī）次擁有了新的人生。在這一（yī）切因果了結之後，馬十一終於發現了自己的秘密，這些秘密與拐子船長息息相關，似（sì）乎牽扯到了千年前的預言……